行政合同属行政诉讼的受案范围，那么就应当合用法律、行政法规、规章、规范性文件以及合用行政法的原理和基本原则对行政合同进行司法审查和裁判，但行政合同又有其自身的特点，区别于一般的详细行政行为的案件，故不能完全合用行政诉讼的基本原则及行政法的基本原理进行审查和裁判。
　　(一)行政合同诉讼案件举证责任的承担。
　　行政诉讼法第三十二规定，被告对作出的具体行政行为负有举证责任。行政诉讼的举证责任，由被告承担，是行政诉讼法的特有原则，因此，行政机关对证明行政合同行为、解除或变更合同行为方面具有举证责任。
　　因行政合同违约而要求行政机关承担违约责任及其赔偿或补偿方面，由谁承担举证责任呢?
　　在行政合同诉讼过程中举证责任原则为：行政机关在证实其行政合同行为正当性方面负主要举证责任;在行政合同违约责任及其赔偿或补偿方面，原告负主要举证责任。这方面应由原告承担举证责任。由于行政合同作为行政机关治理国家事务的重要手段，除具有行政方面的特性外，其与一般的民事合同仍有很多相应之处。如行政合同的变更、解除前提可以由当事人自己商定，也可以根据法律划定;合同的违约责任可以由当事人自己商定，也可以根据法律划定;合同的违约责任可以由当事人双方充分协商;对违约的救济可以采取继承履行、解除合同、赔偿损失等手段;合同履行过程中，运用民法的诸多划定……
　　因此，因合同违约而提起的诉讼中，关于举证责任的承担，可以参照民事诉讼中“谁主张，谁举证”的举证原则，即原告应当对违约事实、违约责任及其赔偿或补偿方面承担举证责任，这也符合《若干解释》第二十七条关于原告的举证责任的划定。
　　(二)行政合同诉讼可以适用调解。
　　调解在民事、商事和刑事自诉案件中作为一种工作方式和结案方式，其长处良多，如方法灵活、程序简朴、自动履行率高等，且行政合同是基于当事人意思表示一致而成立的，这种合意成了对行政合同纠纷进行调解的法律基础。那么，行政合同诉讼能否合用调解呢?笔者以为，行政合同诉讼也可以合用调解，其理由：《行政诉讼法》第六十七条划定行政侵权赔偿诉讼可以合用调解，《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干题目的划定》第三十条划定，人民法院审理行政赔偿案件在坚持正当、自愿的条件下，可以就赔偿范围、赔偿方式和赔偿数额进行调解，也就是说与行政诉讼关系非常紧密亲密的行政侵权赔偿诉讼仍是可以合用调解的。
　　因此，可以将调解轨制引入行政合同诉讼中，以促进纠纷的解决，进步办案效率。《行政诉讼法》第五十条划定：人民法院审理行政案件，不合用调解。
　　(三)行政合同诉讼的判决方式。
　　法院在审理行政合同诉讼中，应当先审查行政正当性以及行政机关在合同履行中行使职权的正当性。对案件的审理要应用行政法的原理及有关行政合同的特殊原则和划定，对尚无法律划定的部门，也可以依照合同商定或参照民事法律的有关划定，除调解结案外，依法作出判决。
　　必需符合一定的前提才能合用。据《行政诉讼法》及《若干解释》的有关划定，目前行政诉讼的一审行政判决方式有：维持判决、撤销或部门撤销判决、责令履行法定职责判决、变更判决、确认判决、驳回诉讼哀求判决，但对变更判决和确认判决的合用范围作了划定。笔者以为行政合同也能合用变更判决和确认判决。
　　其理由包括：
　　1、对行政合同作出变更判决。《行政诉讼法》第五十四条划定，行政处罚显失公正，可以判决变更。行政合同虽不是行政处罚，但行政合同在履行过程中，行政机关在行使变更合同内容、对相对人监视、制裁相对人的违法行为等优益权时，可能会使行政合同显失公正，因此情况，应可以合用《行政诉讼法》第五十四条划定。
　　2、必需对行政合同的效力，详细行政行为的正当性予以确认，以及可以对行政合同而产生的补偿或赔偿范围、数额等予以确认。
　　《若干解释》第五十七条划定了可合用确认判决几种情形，行政合同不在其范围之内。而行政合同行为是行政机关在缔结和履行合同时实施的行为，它与行政合同之间存在着某些依存关系，双方当事人的权利义务除法律划定外，还需由行政合同予以确定，且合同的价值在于其有效性，有违法之处的合同未必无效。 b在履行合同的过程中，以为自己在签订合同时被行政机关欺骗，向行政机关提出解除合同的哀求，但a行政机关不同意，于是b向法院提起行政诉讼，哀求法院确认该行政合同无效，如法院经审理以为，原、被告之间签订的土地有偿出让合同有效，那么就应当作出确认该行政合同有效的判决。比如行政机关甲与相对人乙签订了一份土地有偿出让合同。