根据诉讼时效的一般规定，诉讼时效自权利人能行使请求权之时起算。保证合同的诉讼时效也不例外。最高人民法院《关于担保法若干问题的解释》根据一般保证与连带责任保证的不同分别规定了保证合同的诉讼时效在一般保证和连带责任保证这两种情形下的起算时间。在一般保证中，债权人在保证期间(qijian)届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，从判决或者仲裁裁决生效之日起，开始计算保证合同的诉讼时效。在连带责任保证中，债权人在保证期间(qijian)届满前要求保证人承担保证责任的，从债权人要求保证人承担责任之日起，开始计算保证合同的诉讼时效。
　　需要注意的是，在一般保证中，若保证期间届满前债权人未对债务人提起诉讼或者申请仲裁，保证人的保证责任得以免除，保证合同的诉讼时效也就失去意义。在连带责任保证中若保证期间届满前债权人未要求保证人承担保证责任的，即使债权人对债务人提起诉讼或者申请仲裁，都不会引起保证期间的中断，保证期间一旦届满即发生免除保证人保证责任的效力，保证合同的诉讼时效也失去意义。
　　保证期间与保证合同诉讼时效极容易产生混淆，保证期间并不等同于保证合同诉讼时效。
　　在一般保证，若债权人在保证期间内就主债务提起诉讼或申请仲裁，保证期间中断，在债权人就主债务人财产强制执行未果时，保证期间重新起算。如在重新计算的保证期间内，债权人不向保证人主张保证债权，保证期间一旦届满，保证人的保证责任免除，则无保证合同诉讼时效的适用;如在重新计算的保证期间内债权人向保证人主张保证债权，则保证期间失去意义，此时若保证人拒绝履行保证债务，保证合同诉讼时效开始计算。在此后的2年内，债权人不就保证债权提起诉讼或申请仲裁，则债权人因保证合同诉讼时效期间的经过而丧失胜诉权，债权人的保证债权将不获满足(除非保证人放弃时效抗辩)。
　　在连带责任保证，主合同履行期届满时，保证期间开始计算，债权人向保证人主张保证债权的，保证期间失去意义，如此时保证人拒绝履行保证债务，则保证合同诉讼时效开始计算，如在此后的2年内，债权人不就保证债务提起诉讼或申请仲裁，则债权人因保证合同诉讼时效期间的经过而丧失胜诉权，债权人的保证债权将不获满足(除非保证人放弃时效抗辩);债权人在保证期间内不向保证人主张保证债权，保证期间一旦届满，保证人的保证责任免除，此时无保证合同诉讼时效的适用。